В съвременната забързана българска действителност, членството ни в ЕС и във връзка с изпълнение на своята програма, Българският фармацевтичен съюз  не може да остане изолиран от решаването на националните здравни  проблеми, свързани с оптимизиране на достъпа на населението до фармацевтични услуги и гарантиране на тяхното качество, равнопоставеност на пациентите при ползването им, разработване на национална лекарствена стратегия и провеждане  на прозрачна и справедлива лекарствена политика.

   Повишаването на  квалификацията на магистър-фармацевтите посредством обучителни програми и модули и въвеждането и спазването на „добри практики" в различните профили на фармацевтичния сектор с цел подобряване на пациентските услуги и  заемане на полагащото се място на фармацевтичната професия  в българското здравеопазване също се нуждаят от взаимодействие с други организации.

   Осигурявайки  взаимодействие с  други институции и обществени структури, основна професионална задача  на БФС е да се преодолява дефицита на доверие, да се поддържат активни социални връзки, да се съдейства за постигането на позитивна идентичност на организацията, да  се мултиплицират съвместните  действия в полза на обществото.

   БФС активно се стреми да създаде ползотворни контакти с всички национално представени професионални и браншови организации, обединяващи медицински специалисти от своите  дейности. БФС инициира контакти и с по-широко представени български пациентски организации.

   От м.ноември 2007г. БФС  е пълноправен и равнопоставен член във Фармацевтичната група на ЕС (PGEU) и по този начин си партнира с всички европейско представени съсловни фармацевтични организации.

   Основни аспекти на дейността на БФС във  взаимодействията си с други институции и обществени структури ще бъдат:

• здравно информационна дейност
• национални и регионални здравни кампании
• връзки с обществеността
• евроинтеграция и работа по здравни проекти