Българският фармацевтичен съюз (БФС) е юридическо лице със седалище на управление в гр.София.

Органи на БФС на национално равнище са: конгрес; управителен съвет; контролна комисия; комисия по етика; комисия по качество.

Конгресът на БФС се свиква на редовни заседания веднъж на три години и на извънредни заседания.

Управителният съвет на БФС се състои от председател, заместник-председатели, главен секретар и членове с обща численост от 15 членове.

Председателят на управителния съвет на БФС организира и ръководи работата му и го представлява.

Заместник-председателите подпомагат председателя в дейността му и го заместват по време на отсъствие.

Главният секретар на управителния съвет организира и ръководи дейността по изпълнението на решенията на управителния съвет.

Контролната комисия на БФС се състои от  един председател и четирима членове. Комисията контролира законосъобразността и съответствието с устава на взетите от управителния съвет решения и тяхното изпълнение.

Комисията по етика на БФС се състои от един председател и шестима членове. Комисията се произнася по въпросите, свързани с прилагането на професионалните, морално-етичните и деонтологичните норми, възникнали при упражняването на професията "магистър-фармацевт".

Комисията по качество се състои от един председател и шестима членове. Комисията разработва и контролира прилагането на правилата за добра фармацевтична практика, разработва и утвърждава програмите за продължаващото обучение на магистър-фармацевтите;организира провеждането на квалификационни курсове за магистър-фармацевти;

Регионалните фармацевтични колегии (РФК) на БФС са юридически лица със седалища и определен териториален обхват. Регионалната фармацевтична колегия се състои от вписаните в регистъра й магистър-фармацевти.

Органи на регионалната фармацевтична колегия са: общото събрание; управителният съвет; контролната комисия; комисията по етика и качество.

Общото събрание се свиква на редовни заседания веднъж годишно и на извънредни заседания.

Управителният съвет на регионалната фармацевтична колегия се състои от председател, заместник-председатели, секретар и членове.

Председателят на управителния съвет на регионалната фармацевтична колегия организира и ръководи работата му и я представлява, Заместник-председателите подпомагат председателя в дейността му и го заместват по време на отсъствие, Секретарят организира и ръководи дейността по изпълнението на решенията на управителния съвет;

Контролната комисия на регионалната фармацевтична колегия се състои от председател и членове. Комисията контролира законосъобразността и съответствието с устава на взетите от управителния съвет на регионалната фармацевтична колегия решения и тяхното изпълнение;

Комисията по етика и качество на регионалната фармацевтична колегия се състои от председател и членове. Комисията следи за спазване на професионалните, морално-етичните и деонтологичните норми, свързани с упражняването на професията;разглежда жалби.

Членството в БФС възниква с вписването в регистъра на регионалната фармацевтична колегия, на територията на която магистър-фармацевтът упражнява дейността си, а за магистър-фармацевт, който не упражнява професията си - по постоянен адрес.

Седалища и райони на регионалните фармацевтични колегии:

1. Благоевград: общини Банско, Белица, Благоевград, Гоце Делчев, Гърмен, Кресна, Петрич, Разлог, Сандански, Сатовча, Симитли, Струмяни, Хаджидимово, Якоруда.

2. Бургас: общини Айтос, Приморско, Бургас, Камено, Карнобат, Малко Търново, Несебър, Поморие, Руен, Созопол, Средец, Сунгурларе, Царево.

3. Варна: общини Аврен, Аксаково, Белослав, Бяла, Варна, Ветрино, Вълчи дол, Девня, Долни чифлик, Дългопол, Провадия, Суворово.

4. Велико Търново: общини Велико Търново, Горна Оряховица, Елена, Златарица, Лясковец, Павликени, Полски Тръмбеш, Свищов, Стражица, Сухиндол.

5. Видин: общини Белоградчик, Бойница, Брегово, Видин, Грамада, Димово, Кула, Макреш, Ново село, Ружинци, Чупрене.

6. Враца: общини Борован, Бяла Слатина, Враца, Козлодуй, Криводол, Мездра, Мизия, Оряхово, Роман, Хайредин.

7. Габрово: общини Габрово, Дряново, Севлиево, Трявна.

8. Добрич: общини Балчик, Генерал Тошево, Добрич - град, Добричка, Каварна, Крушари, Тервел, Шабла.

9. Кърджали: общини Ардино, Джебел, Кирково, Крумовград, Кърджали, Момчилград, Черноочене.

10. Кюстендил: общини Бобовдол, Бобошево, Кочериново, Кюстендил, Невестино, Рила, Сапарева баня, Дупница, Трекляно.

11. Ловеч: общини Априлци, Летница, Ловеч, Луковит, Тетевен, Троян, Угърчин, Ябланица.

12. Монтана: общини Берковица, Бойчиновци, Брусарци, Вълчедръм, Вършец, Георги Дамяново, Лом, Медковец, Монтана, Чипровци, Якимово.

13. Пазарджик: общини Батак, Белово, Брацигово, Велинград, Лесичово, Пазарджик, Панагюрище, Пещера, Ракитово, Септември, Стрелча.

14. Перник: общини Брезник, Земен, Ковачевци, Перник, Радомир, Трън.

15. Плевен: общини Белене, Гулянци, Долна Митрополия, Долни Дъбник, Левски, Кнежа, Никопол, Плевен, Пордим, Червен бряг.

16. Пловдив: общини Асеновград, Брезово, Калояново, Карлово, Лъки, Марица, Пловдив, Първомай, Раковски, Родопи, Садово, Съединение, Хисаря, Кричим, Перущица, Стамболийски, Куклен, Сопот.

17. Разград: общини Завет, Исперих, Кубрат, Лозница, Разград, Самуил, Цар Калоян.

18. Русе: общини Борово, Бяла, Ветово, Две могили, Иваново, Русе, Сливо поле, Ценово.

19. Силистра: общини Алфатар, Главиница, Дулово, Кайнарджа, Силистра, Ситово, Тутракан.

20. Сливен: общини Котел, Нова Загора, Сливен, Твърдица.

21. Смолян: общини Баните, Борино, Девин, Доспат, Златоград, Мадан, Неделино, Рудозем, Смолян, Чепеларе.

22. София - столична: райони Банкя, Витоша, Връбница, Възраждане, Изгрев, Илинден, Искър, Красна поляна, Красно село, Кремиковци, Лозенец, Люлин, Младост, Надежда, Нови Искър, Оборище, Овча купел, Панчарево, Подуяне, Сердика, Слатина, Средец, Студентски, Триадица.

23. София-окръг: общини Антон, Божурище, Ботевград, Годеч, Горна Малина, Долна баня, Драгоман, Елин Пелин, Етрополе, Ихтиман, Копривщица, Костенец, Костинброд, Мирково, Правец, Самоков, Своге, Сливница, Златица, Пирдоп, Чавдар, Челопеч.

24. Стара Загора: общини Братя Даскалови, Гълъбово, Гурково, Казанлък, Мъглиж, Николаево, Опан, Павел баня, Раднево, Стара Загора, Чирпан.

25. Търговище: общини Антоново, Омуртаг, Опака, Попово, Търговище.

26. Хасково: общини Димитровград, Ивайловград, Любимец, Маджарово, Минерални бани, Свиленград, Симеоновград, Стамболово, Тополовград, Харманли, Хасково.

27. Шумен: общини Велики Преслав, Венец, Върбица, Каолиново, Каспичан, Никола Козлево, Нови пазар, Смядово, Хитрино, Шумен.

28. Ямбол: общини Болярово, Елхово, Стралджа, Тунджа, Ямбол.